Фамилия Кылышканов — одна из тех, что сразу обращает на себя внимание нехарактерным для русского уха звучанием. Её основа, суффикс и ареал бытования указывают на тюркские корни, скорее всего, казахские или киргизские. В русском языке фамилия оформлена по стандартной модели патронимических фамилий: к тюркскому имени или прозвищу добавлен русский суффикс -ов, а затем — типичный для многих фамилий формант -ан, который мог возникнуть как адаптация тюркского аффикса принадлежности или как результат народной этимологии при записи в российских документах.

Корень «Кылыш» (qylyš) в тюркских языках означает «меч», «сабля». Это слово широко известно в историческом контексте: кылыш — один из видов холодного оружия кочевников. Соответственно, прозвище Кылыш мог получить воин, мастер клинкового боя или просто человек с острым, «режущим» характером. В казахской и киргизской ономастике имя Кылыш встречается и как личное имя, часто с пожеланием мальчику быть сильным, как меч. Таким образом, Кылышканов — это «сын Кылышка» или «потомок того, кого звали Кылыш».

Особенность фамилии в том, что вторая часть — «-кан» — может быть не случайным наращением. В тюркских языках «кан» (qan) означает «кровь», «хан» (xan) — правитель, а также существует уменьшительно-ласкательный суффикс -кан. Наиболее вероятно, что в основе лежит имя Кылышкан — сложносоставное имя, где «кылыш» + «кан» можно истолковать как «кровь меча» (воинская доблесть) или «меч хана» (ханский воин). При переходе в русскую фамилию это имя получило окончание -ов, дав форму Кылышканов. Версия, что это просто Кылыш + русский суффикс -анов, менее убедительна, так как в тюркских языках нет суффикса -ан в значении «сын» — там работают притяжательные аффиксы.

Географически фамилия тяготеет к югу Казахстана и северу Киргизии, встречается также среди казахов в Оренбургской и Астраханской областях России. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках эта фамилия почти не фиксируется — её массовое оформление произошло, скорее всего, в советское время, при паспортизации 1920–1930-х годов, когда многие тюркские имена и прозвища были записаны с русскими окончаниями. Сословно предки Кылышкановых, вероятно, относились к скотоводам-кочевникам или к военно-служилому сословию (батыры, джигиты), но документальных подтверждений этому нет — фамилия слишком локальна и не попала в широкие генеалогические справочники.

В ономастическом контексте Кылышканов стоит в одном ряду с фамилиями Кылышев, Кылычов, Кылышбеков, но отличается от них именно элементом -кан, который придаёт основе значение не просто «относящийся к мечу», а «кровно связанный с мечом» или «принадлежащий ханскому мечу». Это редкий случай, когда словообразовательная модель несёт в себе не только родовую, но и образно-символическую нагрузку.