Фамилия Кымбатпаев — одна из тех, что почти наверняка ведёт начало из Центральной Азии, а точнее — из казахской языковой среды. Её основа — мужское имя Кымбатпай, которое, в свою очередь, образовано от казахского слова «кымбат» (дорогой, ценный) и аффикса «-пай», который в тюркских именах часто придаёт ласкательный или уменьшительный оттенок, а иногда просто служит традиционным компонентом личного имени. Русскоязычный суффикс -ев (вариант -ов после мягких или шипящих основ) превращает имя в фамилию по стандартной для Российской империи модели: «чей?» — Кымбатпаев, то есть «сын (или потомок) Кымбатпая».

Исходное имя Кымбатпай можно перевести как «ценный, дорогой мальчик» или «драгоценный». В казахской антропонимике такие имена с компонентом «кымбат» давали детям, которых считали особенно желанными, долгожданными или любимыми. Вторая часть — «-пай» — восходит к слову «бай» (богатый, господин), но в именах она со временем утратила прямое социальное значение и стала просто типичным окончанием для мужских имён (ср. Кенесбай, Жумабай, Сапарбай). Таким образом, имя Кымбатпай — это не столько указание на богатство, сколько пожелание ребёнку быть ценным и счастливым.

Географически фамилия Кымбатпаев наиболее характерна для Казахстана, особенно для южных и западных регионов, где распространены имена с компонентом «-бай». В России она встречается редко, в основном у потомков казахских переселенцев или в смешанных семьях. Фамилия не имеет отношения к русским дворянским или крестьянским фамилиям — это типичный пример того, как в XIX–XX веках, при включении кочевого населения в имперскую административную систему, тюркские имена фиксировались в документах с русскими патронимическими суффиксами.

Интересная деталь: в отличие от многих русских фамилий, где суффикс -ев может указывать на принадлежность к отцу (Иванов — сын Ивана), в казахской традиции фамилия Кымбатпаев не обязательно означает, что отца звали именно Кымбатпаем. Часто это родовое имя, закреплённое за целым аулом или ветвью рода, особенно если предок-основатель носил это имя. Поэтому искать точного «Кымбатпая» в каждом поколении не стоит — фамилия стала наследственной, как и у всех народов бывшей империи.

В написании фамилии возможны варианты: Кымбатбаев (через «б» — более близкое к оригинальному произношению) или Кымбатпаев (с «п» — так чаще фиксировали в русских документах, из-за оглушения звонкого «б» в конце основы). Оба варианта встречаются, но форма с «п» — более частая в паспортах и метриках.