Фамилия Кымылдан — редкий случай, когда носитель фамилии, скорее всего, может назвать её источник, не заглядывая в словари. Она образована от географического названия — села Кымылдан в Азербайджане. Такая модель, когда фамилия совпадает с топонимом без добавления суффиксов (-ский, -ов), характерна для народов Закавказья, особенно для азербайджанской и тюркской ономастики. В русской традиции подобное встречается редко и обычно указывает на недавнее происхождение фамилии.

Село Кымылдан (иногда пишется как Гымылдан, Гымылдын) находится в Азербайджане, недалеко от границы с Дагестаном. Название, по одной из версий, восходит к тюркскому «гымыл» — «муравей». В топонимике это не редкость: «муравьиные» названия давали местам, где было много муравейников, или же, в переносном смысле, — густонаселённым, кишащим людьми поселениям. Суффикс «-дан» в тюркских языках может указывать на местоположение или происхождение («откуда»).

Таким образом, фамилия Кымылдан означает «выходец из Кымылдана» или «тот, кто из Кымылдана». Её носители — потомки людей, переселившихся из этого села в другие регионы. Сословной принадлежности у такой фамилии нет: её мог получить и крестьянин, и ремесленник, и торговец, если он покинул родное село и осел в другом месте, где его стали называть по месту выхода.

В России фамилия встречается крайне редко, в основном у представителей лезгинских и азербайджанских общин, а также у народов Южного Дагестана, где исторически были сильны связи с азербайджанскими селами. В отличие от русских фамилий на -ов, которые часто теряют связь с исходным значением, Кымылдан сохраняет прямую и прозрачную привязку к конкретной точке на карте.