Фамилия Кынонвко — случай, когда написание почти полностью скрывает происхождение. Скорее всего, перед нами искажённая запись фамилии, которая в исходном варианте звучала иначе. В русских документах XIX — начала XX века, особенно при переписях и записях со слов, фамилии нередко записывали на слух, с ошибками или под влиянием местных говоров. Вероятнее всего, правильная основа — Кынон- или Кынонв-, а финальное -ко указывает на украинское или южнорусское происхождение (суффикс -енко, редуцированный до -ко в просторечии). То есть фамилия могла быть Кыноненко или Кынонченко, а затем утратила один слог.

Если отталкиваться от корня «Кынон», то наиболее правдоподобна связь с каноническим именем Конон (от греческого «трудящийся», «работающий»). В южнорусских и украинских говорах начальное «Ко-» иногда переходило в «Кы-» (ср. Кырил вместо Кирилл). Тогда Кынон — это народная форма имени Конон, а фамилия образована по стандартной модели: имя Кынон + суффикс -енко (сын Кынона). Со временем в устной речи -енко могло сократиться до -ко, а при записи закрепилось как Кынонвко — возможно, из-за неразборчивого почерка или диалектного произношения, где -нв- звучало как мягкое -ньв-.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским словом «кынон» (если оно существовало в каком-либо из тюркских языков как личное имя или прозвище). Однако в доступных ономастических источниках такое слово не фиксируется, и гипотеза остаётся чисто умозрительной. Географически фамилия Кынонвко встречается крайне редко, единичные носители зафиксированы в документах по югу России и Украине, что косвенно подтверждает украинскую модель образования.

Таким образом, предок носителей этой фамилии, скорее всего, был сыном человека по имени Конон (в народном произношении Кынон), жившего в украинской или южнорусской среде. Фамилия прошла через искажение при записи, но её суть — патронимическая, указывающая на имя отца.