Фамилия Кынтырпупкин звучит скорее как шуточное прозвище из народной среды, но за ней стоит реальная модель русских фамилий. Её основа — двусоставное прозвище «Кынтыр-пупка» или «Кынтырпупок». Первая часть, «кынтыр», — диалектный глагольный корень, который в южнорусских и украинских говорах означал «копаться», «возиться», «делать что-то медленно и неловко». Вторая часть — «пуп» или «пупок» — могла относиться либо к пуповине (человек с заметным пупком), либо к центру чего-то (в переносном смысле — «пуп земли»). Вместе прозвище «Кынтырпупок» могло означать «копуша», «медлительный человек, который вечно возится на одном месте», или иронично — «пуп земли, который копается в мелочах».

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе на -о/-е добавляется притяжательный суффикс -ин, который указывает на принадлежность кому-то. То есть Кынтырпупкин — это «сын Кынтырпупка» или «человек из рода Кынтырпупков». Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от слов мужского рода с окончанием на -а/-я (как Пушкин, Репин), но здесь он прирос к основе «Кынтырпупок», которая в именительном падеже дала бы форму «Кынтырпупкин» как вариант.

Географически фамилия редкая и почти не встречается в официальных списках. Её можно отнести к «говорящим» фамилиям, которые возникали в крестьянской среде как прозвища за характер или поведение. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые массово давались по именам отцов, Кынтырпупкин — пример индивидуального прозвища, которое закрепилось за одной семьёй. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные модели разбираются, но конкретно эта фамилия в них не фигурирует из-за редкости.

Скорее всего, предки носителя фамилии были крестьянами или ремесленниками, получившими прозвище за неторопливость или забавную внешность. В XX веке такие фамилии нередко меняли или сокращали, поэтому Кынтырпупкин — скорее всего, сохранившийся артефакт народной ономастики, а не случайная опечатка.