Фамилия Кыопуу с первого взгляда кажется финской или карельской, и это верное направление. В русском контексте она — яркий пример фамилии, образованной от прозвища по месту жительства или по характерному признаку ландшафта. Основа «кыопуу» восходит к карельскому или финскому слову, которое можно разобрать на две части: «кюля» (kylä — деревня) или «кюо» (kyö — утро, восток) и «пуу» (puu — дерево). Однако более вероятно, что в основе лежит диалектное «кюопюу» (kyöpö — колдун, знахарь) или искажённое «кюёпуу» — так в северных говорах могли называть одинокое, «ведьмино» дерево на перекрёстке, с которым связывали народные поверья.

Модель образования фамилии — чистая основа без суффикса, что типично для прибалтийско-финских фамилий, попавших в русскую среду. Такие фамилии оседали в основном в Олонецкой губернии, на территории современной Карелии и в бывших Ингерманландских землях Ленинградской области. Носитель фамилии Кыопуу — скорее всего, потомок карела или финна-ингерманландца, который либо жил у заметного дерева, либо получил прозвище от односельчан за связь с народной медициной или суевериями.

Словообразовательный разбор показывает, что фамилия не подверглась русификации — нет типичных русских суффиксов -ов, -ин, -ский. Это значит, что она вошла в русские документы в исходной финно-угорской форме, что встречается реже, чем, скажем, фамилии на -онен или -лайнен. В дореволюционных метриках её могли записывать на слух как «Киопу», «Кеопу» или «Кыопю», но современное написание закрепилось в советское время при паспортизации.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Кыопуу стоит в одном ряду с Пуу (дерево), Кюля (деревня) или более распространённой Кюльмяля (от kylmä — холодный). Но в отличие от них, Кыопуу содержит редкую смысловую двойственность: от географической привязки до мистического оттенка. Споров о происхождении немного — финно-угорский корень очевиден, а точное значение зависит от того, на какой диалект и эпоху ориентироваться. Правдоподобнее всего версия с «ведьминым деревом»: такие прозвища были выразительными и цепкими, поэтому легко становились фамилиями.