Фамилия Кыргыс напрямую связана с этнонимом «кыргыс» — так в прошлом называли одно из воинственных племён, которое считается предком современных киргизов. Слово «кыргыс» в хакасском и якутском языках имеет значение «истребление», «уничтожение», что, скорее всего, отражает боевой характер этого народа. Прозвище Кыргыс могли дать человеку из этого племени, который жил среди якутов, хакасов или других соседних народов — так фамилия закрепляла его происхождение.

Наиболее часто фамилия встречается в России, особенно среди народов Урала и Дальнего Востока. Первый носитель, вероятно, был родом из Хакасии или Якутии. Не исключено также, что корни фамилии уходят в уйгурскую или монгольскую среду — этноним «кыргыс» был известен далеко за пределами современных границ.

Словообразовательная модель здесь проста: фамилия образована напрямую от прозвища без добавления типичных русских суффиксов (-ов, -ин), что указывает на её нерусское, тюркское происхождение. В русской традиции такие фамилии часто оставались в исходной форме, особенно если носители долгое время сохраняли этническую идентичность.

Среди известных носителей — Зоя Кыргысовна Кыргыс, музыковед, посвятившая 25 лет изучению тувинского горлового пения. Её фамилия и отчество подчёркивают, что имя Кыргыс бытовало и как личное, и как родовое.