Фамилия Кыргызаков — редкая и говорящая. Её основа напрямую указывает на этническую принадлежность: слово «кыргыз». В русской среде такие фамилии, образованные от названий народов, обычно давали не самому представителю этого народа, а человеку, который имел с ним дело. Предка могли прозвать Кыргызом за внешность, обычаи или место жительства в окружении киргизов (в XIX веке закрепилось написание через «и», но в основе фамилии сохранился исходный тюркский вариант «кыргыз»).

Модель образования — классическая русская патронимическая фамилия на -ов. Суффикс -ов присоединили к прозвищу Кыргыз, и получилось отчество «сын Кыргыза», которое затем стало наследственной фамилией. Такая форма характерна для русских фамилий, возникших в среде крестьян, казаков и посадских людей, где этноним мог стать прозвищем без негативного оттенка — скорее как отличительная черта.

Вероятнее всего, фамилия сложилась на южных или восточных окраинах России, где был тесный контакт с тюркскими народами — в Оренбургской, Астраханской губерниях, на Урале или в Сибири. Там казаки и крестьяне часто получали прозвища по соседним племенам. Встречается и вариант Киргизаков — с буквой «и» в корне, что отражает старую русскую передачу этнонима, но написание через «ы» точнее сохраняет звучание исходного слова.

Спорных версий здесь немного. Иногда высказывают гипотезу, что фамилия могла произойти от тюркского имени Кыргыз (которое бытовало как личное имя у башкир, татар и казахов). Это правдоподобно, но менее вероятно: в русской ономастике фамилии от этнонимов встречаются чаще, чем от редких личных имён. К тому же прозвище Кыргыз в русских документах XVII–XVIII веков фиксируется именно как указание на происхождение или контакт с народом.

Фамилия не относится к дворянским или старинным боярским родам — её носителями были крестьяне, казаки и мещане. Она остаётся сравнительно редкой и сегодня, что делает её ярким маркером семейной истории, связанной с приграничными районами и смешением культур.