Фамилия Кырмыгенов — редкая и неочевидная с точки зрения русского уха. В ней нет привычных славянских корней, зато отчетливо прослеживается тюркская основа. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия оформлялась уже на русской почве, когда прозвище или имя отца превращали в родовое имя по модели «чей?» — Кырмыгенов, то есть сын Кырмыгена.

Самая вероятная версия происхождения ведет к тюркским языкам, распространенным в Поволжье, на Урале или в Сибири. Основа «кырмы» (или «кырма») в ряде тюркских диалектов (татарском, башкирском, казахском) означает «обрывок», «лоскут», «отрезок». В переносном смысле так могли называть невысокого, щуплого человека или, наоборот, того, кто занимался кройкой, раскроем ткани — портного, скорняка. Формант «-ген» в тюркских языках часто является суффиксом причастия или именного образования, так что «Кырмыген» можно истолковать как «отрезанный», «отделенный» или «коротышка». Вторая часть может восходить к слову «кен» — «широкий», «просторный», но это сочетание менее логично для прозвища.

С точки зрения географии, Кырмыгеновы — почти наверняка выходцы из регионов с компактным проживанием тюркских народов: Татарстана, Башкортостана, Оренбургской области или Алтая. Фамилия не зафиксирована в старых дворянских родословных книгах, что типично для поздних крестьянских и казачьих фамилий, возникших в XVIII–XIX веках, когда у татар, башкир и других неславянских народов начали массово «русифицировать» отчества через суффикс -ов.

Спорных версий немного. Можно предположить, что «Кырмыген» — искаженное имя Кырмыш или Кырман, но это менее обоснованно. Учитывая, что фамилия крайне редкая и не имеет устоявшихся вариантов написания (Кырмыганов, Кырмыгин), её носители — потомки одного рода, сохранившего исходную форму. Социальный контекст прост: предки Кырмыгеновых, скорее всего, были крестьянами или ремесленниками, а само прозвище — бытовым, описывающим внешность или занятие.