Фамилия Кырстя — редкий случай, когда корень слова не славянский, а румынский. В её основе лежит прозвище, которое восходит к румынскому междометию hîrsti (хырсти) — звукоподражательному возгласу вроде «хвать», «бац» или «шмяк». Так могли прозвать человека за манеру речи: если он часто и к месту вставлял это слово, выражая внезапность действия или резкий звук. Прозвище закрепилось и перешло в фамилию.

Есть и вторая, менее вероятная, версия. Согласно ей, Кырстя — это адаптированная форма западноевропейского имени Kirsti, Kirsty, которое, в свою очередь, восходит к греческому Christianos — «христианин». Однако эта гипотеза слабее: в русской и молдавской среде имя Кристиан чаще давало фамилии через суффиксы (-ов, -енко), а прямая передача имени без изменений в виде «Кырстя» для фамилий нехарактерна.

Фамилия бытует преимущественно в Молдове и на юго-западе Украины (Одесская, Черновицкая области), где исторически сильны румынские и молдавские языковые влияния. С точки зрения словообразования, это бессуффиксная модель: прозвище стало фамилией без добавления типичных русских окончаний -ов, -ев или -ин. Такие «голые» фамилии в русском контексте редки и обычно выдают нерусское происхождение.

Сравните с однокоренными фамилиями: в румынском языке есть фамилия Hârști, а в молдавском — её кириллический вариант Хырстя. Русская запись «Кырстя» — результат передачи звука [ы] через букву «ы» и оглушения начального [х] в [к] под влиянием устной речи.

Социальный контекст: носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами из молдавских или украинских сёл. Никаких данных о дворянском происхождении или принадлежности к известным родам нет — фамилия сугубо народная, прозвищная.