Фамилия Кысатони — редкий пример, где в основе лежит не русское, а греческое слово. Прозвище Кысат, от которого пошла фамилия, связано с греческим «кисата» — «богатый». Так могли назвать состоятельного, знатного человека, и прозвище прямо указывало на его высокое социальное положение.

Самый необычный элемент здесь — суффикс. Фамилия образована по модели, характерной для восточнославянских фамилий (сравните: Богатый — Богатонов), но с греческим корнем. Формант -они встречается крайне редко и несвойственен стандартным русским фамилиям на -ов/-ев, -ин или -ский. Скорее всего, это адаптация греческой фамильной модели на -онис или -они под русское окончание, либо результат канцелярской записи, когда прозвище Кысат записали с «фамильным» окончанием.

Географически фамилия могла закрепиться в среде греческих переселенцев или потомков выходцев из Византии, которые обрусели, но сохранили память о корне в фамилии. Встречаемость её крайне низкая — это штучная, а не массовая фамилия, что подтверждает её локальное и, возможно, позднее оформление.

Если сравнивать с однокоренными, то в русской традиции есть фамилия Кисатов (от того же «кисата»), но Кысатони стоит особняком из-за суффикса. Написание через «ы» в первом слоге — вероятно, диалектное или орфографическое искажение, закрепившееся в документах. По сути, фамилия Кысатони — это буквальный перевод прозвища «богач» на греческий лад с русским фамильным оформлением.