Фамилия Кысатони образована от прозвища Кысат, которое восходит к нарицательному «кисата», что в переводе с греческого на русский язык означает «богатый». Вероятно, таким прозвищем нарекали состоятельного, знатного человека. Таким образом, это прозвище указывало на социальное положение основателя рода Кысатони.