Фамилия Кюсещ — редкая и нестандартная для русского языка, что сразу наводит на мысль о её иноязычном происхождении. В ней нет привычных славянских суффиксов (-ов, -ин, -ский), а корень на слух не даёт очевидных ассоциаций с русскими словами. Скорее всего, перед нами фамилия, возникшая в среде тюркских или кавказских народов, где подобные звукосочетания встречаются чаще. Например, в адыгских (черкесских) языках есть фамилии с начальным «Кю-» (Кюбе, Кюль), а в тюркских — с элементом «-сещ», который может восходить к личному имени или прозвищу.

Основа «Кюсещ» могла быть записана на слух при паспортизации в XIX–XX веках, когда носители языка, не имевшего письменности, получали документы на русском. Возможные прототипы: тюркское «кюсе» (в значении «силач», «богатырь» или, наоборот, «слабый») или адыгское «кIусэщ» (где «кIу» — сын, «сэ» — я, то есть «мой сын», но это реконструкция, требующая осторожности). В любом случае, фамилия, скорее всего, образована от прозвища, данного по какой-то характерной черте или занятию.

Географически фамилия Кюсещ может быть привязана к Северному Кавказу, Закавказью или регионам Поволжья, где исторически жили тюркоязычные народы (татары, башкиры, кумыки). Встречаемость её в современных российских базах данных крайне низкая, что подтверждает её локальный и редкий характер. Сословная принадлежность предков, скорее всего, была крестьянской или казачьей — именно эти слои населения чаще всего получали фамилии по прозвищам, а не по наследственным именам знати.

Единственное, что можно сказать с уверенностью: фамилия Кюсещ — это не искажение славянской фамилии, а самостоятельная единица, корни которой уходят в языки народов Кавказа или тюркского мира. Для точной этимологии потребовались бы данные о регионе проживания конкретной семьи и архивные записи, но общее направление поиска — южные окраины Российской империи.