Фамилия Кюсснер — немецкая по происхождению, и её значение напрямую связано с местом, где жил или откуда был родом первый носитель. Наиболее вероятная версия возводит фамилию к названию города Бернкастель-Кюс (Bernkastel-Kues) на реке Мозель в Германии. Суффикс -er в немецких фамилиях часто указывает на жителя определённой местности, так что Кюсснер — это буквально «тот, кто из Кюса». Основатель рода мог родиться или долгое время проживать в этом винодельческом регионе, и прозвище закрепилось за ним при переезде.

Существует и альтернативная, хотя и менее распространённая, версия, связывающая фамилию с личным именем. Согласно ей, в основе лежит имя Kuss — краткая или ласкательная форма имени Konrad. Само имя Konrad переводится с древневерхненемецкого как «храбрый советник» (kuoni — «храбрый» + rat — «совет»). В этом случае фамилия Кюсснер образована по той же патронимической модели (указание на отца или предка по имени), что и многие другие немецкие фамилии на -er, например, Петерс или Мюллер, но с усечением основы.

Обе гипотезы не противоречат друг другу: географическая привязка выглядит более конкретной и прямой, в то время как версия с именем Konrad объясняет возможное появление прозвища Kuss, от которого затем образовали фамилию. В любом случае, фамилия Кюсснер — редкая для России и однозначно указывает на немецкие корни, скорее всего, из западных земель Германии. Встречается она в основном среди потомков немецких колонистов, переселившихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках, и сохранила написание, близкое к оригинальному немецкому произношению.