Фамилия Кзылходжаев — редкий пример тюркско-персидского сращения, которое почти не встречается за пределами Средней Азии. Её основа — два корня: «кзыл» (тюркское «красный» или «рыжий») и «ходжа» (персидское «господин», «наставник», «хозяин»). Вместе они образуют имя-прозвище, которое могло означать «рыжий ходжа» или «красный господин». Слово «ходжа» в исламской культуре — это не просто уважительное обращение, а указание на принадлежность к потомкам пророка или на духовный сан, поэтому прозвище могло подчёркивать внешность (рыжие волосы или бороду) у человека, носившего этот титул.

Суффикс -ев в русской адаптации пришёл на смену тюркскому патронимическому окончанию (сын/оглы). Фамилия строится по типичной для Российской империи модели: к основе имени или прозвища добавляли русский суффикс -ов/-ев, чтобы закрепить фамилию в документах. Это значит, что предок носителя, скорее всего, жил на территории, где русская администрация фиксировала тюркские имена и прозвища в метриках или переписях — вероятно, в Туркестанском крае или в казахских степях.

Географически фамилия почти наверняка происходит из узбекской, казахской или каракалпакской среды. «Кзыл» — фонетический вариант слова «кызыл» (красный), который чаще встречается в казахском и каракалпакском языках, чем в узбекском, где обычно пишут «кизил». Встречаются и такие варианты написания, как Кызылходжаев, но Кзылходжаев — более редкая фиксация, возможно, искажённая при записи в паспортном столе.

Интересная деталь: в тюркской ономастике «красный» часто ассоциировался не только с цветом волос, но и с социальным статусом или воинской доблестью. Например, «кызыл байрак» — красное знамя. Поэтому не исключено, что прозвище «Кзылходжа» могло быть дано человеку, который носил красную одежду или шапку — знак отличия. Однако самая вероятная версия — описание внешности, так как рыжий цвет волос у тюркских народов встречается редко и сразу бросается в глаза.

О сословной принадлежности носителей сказать почти нечего: в дореволюционных списках эта фамилия практически не попадается, потому что массово закрепилась только в советское время при паспортизации. Скорее всего, предки были крестьянами или ремесленниками, а не духовенством, несмотря на слово «ходжа» в основе — титул со временем стал просто именем.