Фамилия Лахтенков — редкий случай, когда географическое прозвище, скорее всего, легло в основу напрямую, минуя стадию крестильного имени. Её ядро — слово «лахта», которое в говорах Русского Севера, прежде всего в архангельских и олонецких, означает «залив», «губа», «небольшая морская бухта». Слово это финно-угорского происхождения (ср. финское lahti — «залив») и прочно вошло в местную топонимику: десятки деревень и урочищ по побережью Белого моря и в Карелии назывались Лахта, Лахты, Лахтинское. Человек, живший у такого залива или выходец из селения с таким названием, получал прозвище Лахта, а его сын или потомок становился Лахтенковым.

Суффикс -енк- в этой фамилии — характерная севернорусская и украинско-белорусская модель, указывающая на принадлежность: «чей?» — «Лахтенков», то есть сын Лахты. В отличие от более распространённого -ов/-ев, этот суффикс в русских фамилиях чаще встречается именно на северо-западе и в бывших новгородских землях, что совпадает с ареалом слова «лахта». Таким образом, по фамилии можно с высокой вероятностью определить примерную родину предка: побережье Онежской губы, Кольский полуостров или окрестности Ладожского озера.

Версия о происхождении от личного имени Лахтион (разговорная форма от Галактион) менее вероятна. Хотя такие случаи в народной ономастике бывают, географическая привязка слова «лахта» даёт более плотную и естественную этимологию. Куда проще представить рыбака или помора, которого соседи прозвали «Лахта» по месту жительства, чем объяснить, почему имя Лахтион вдруг получило суффикс -енк-, а не обычный -ов.

Среди однокоренных фамилий — Лахтин, Лахтанов, Лахтинский. Лахтенков стоит в этом ряду несколько особняком именно из-за своего суффикса, который придаёт ей оттенок именно «сыновней» или «родовой» принадлежности. В дореволюционных переписях эта фамилия практически не встречается за пределами Олонецкой и Архангельской губерний, что лишь подтверждает её локальный, поморский характер. Носитель фамилии Лахтенков почти наверняка потомок северного крестьянина или промышленника, чья жизнь была неразрывно связана с морем и береговыми заливами.