Фамилия Лапупин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет распространённого суффикса -ов, который обычно указывает на отчество от имени или прозвища на -о/-а. Вместо него стоит суффикс -ин, а это значит, что основа, от которой образована фамилия, скорее всего, оканчивалась на согласный или на -а/-я (как Лапуня, Лапупа). Но что это за основа?

Самый вероятный путь — прозвище Лапупа. В русских говорах слово «лапупа» могло быть шутливым или уменьшительным обозначением человека с большими, неуклюжими руками или ногами (от «лапа»). Возможно, так дразнили ребёнка, который неловко хватал предметы, или взрослого с крупными ступнями. Суффикс -ин в таком случае работает по стандартной модели: «чей?» — сын Лапупы, то есть Лапупин. Параллель — фамилии Лапухин, Лапшин, где корень тот же, а суффиксы разные.

Есть и вторая версия, менее очевидная, но лингвистически допустимая: основа могла быть иноязычной. В тюркских языках встречается слово «лап» (большой, широкий) с удвоением или аффиксом, но для фамилии Лапупин это маловероятно — слишком редкий случай для центральной России. География фамилии не широкая: единичные носители встречаются в Поволжье и на Урале, что скорее говорит о русском прозвищном происхождении, чем о заимствовании.

Интересная деталь: фамилия Лапупин не упоминается в классических ономастических словарях (Унбегауна, Веселовского, Никонова). Это значит, что она либо очень локальная, либо возникла поздно — в XVIII–XIX веках, когда крестьянам массово давали фамилии по бытовым прозвищам. Такие фамилии часто не попадали в ранние переписи дворянства и купечества, потому что их носители не принадлежали к привилегированным сословиям. Скорее всего, предки Лапупиных были крестьянами или мастеровыми, а прозвище закрепилось за одним родом в какой-нибудь деревне.

Итог простой: фамилия образована от прозвища Лапупа, которое дали человеку с заметными «лапами» — большими руками или ногами. Других убедительных версий нет.