Фамилия Ларюнина образована от прозвища или нецерковного имени Ларюня. Чаще всего Ларюня — это народная, обиходная форма крестильного имени Илларион (в переводе с греческого — «веселый»). Такие усеченные и ласкательные формы были характерны для простонародной среды: полным именем в быту называли редко, а вот Ларюня, Ларя, Ларик звучали естественно и привычно. По этой модели возникли и фамилии Ларин, Ларионов, Ларюшин, но Ларюнина выделяется суффиксом -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность конкретному лицу: «чей?» — Ларюнин, то есть сын, потомок Ларюни.

Основатель рода, скорее всего, был человеком из простого сословия — крестьянином или посадским, где имя Илларион в полной форме встречалось реже, а в народном варианте Ларюня было повседневным. В официальных документах XVII–XVIII веков такая форма фиксировалась как самостоятельное имя, а затем закрепилась в фамилии. Менее вероятная, но возможная версия связывает Ларюню с диалектным глаголом «ларить» (говорить громко, звать) или с прозвищем Ларун — так в некоторых говорах называли говорливого, шумного человека. Однако эта гипотеза слабее: подавляющее большинство фамилий на -юня/-уня образовано от календарных имен, а не от нарицательных слов.

Фамилия Ларюнина — женская форма; мужской вариант — Ларюнин. Географически она встречается в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях, где имя Илларион и его производные были распространены среди старообрядцев и крестьянского населения. В переписных книгах XVIII века можно встретить записи вроде «Ларюня Иванов сын» — именно такие документы и закрепляли будущую фамилию за целым родом.