Фамилия Лимошкина — яркий пример того, как народное чутьё перекраивало полные церковные имена в простые и привычные прозвища. Самая очевидная и правдоподобная версия её происхождения связана с каноническим мужским именем Филимон. В переводе с греческого оно означает «любимый». В русском быту это имя часто сокращали, и одной из обиходных форм стала Лимошка. Именно от неё и образовалась фамилия: Лимошкин — сын или потомок Лимошки.

Вопреки первому впечатлению, связывать фамилию с цитрусом «лимон» было бы ошибкой. В старой России этот фрукт был редкостью и доступен лишь знати. Даже бытовала присказка: «Не наша еда лимоны, есть их иному». Однако любопытно, что ещё в 1490 году на Белом озере жил крестьянин Гридя Лимонов. Это говорит о том, что в основе прозвища могло лежать иное слово — например, лимонный цвет или диалектное название. Но для фамилии Лимошкина версия с именем Филимон всё же надёжнее: суффикс -шк- в основе (Лимошка) — типичный признак уменьшительно-ласкательных форм древнерусских имён, таких как Филимон → Филя → Филька, но в данном случае усечение пошло по другому пути: Филимон → Лимоша → Лимошка.

Фамилия закрепилась в женской форме — Лимошкина. Поскольку носительница фамилии — женщина, а сама фамилия, скорее всего, происходит от прозвища или имени предка-мужчины, можно с уверенностью сказать, что основатель рода Лимошкиных был человеком простого звания. В крестьянской и мещанской среде такие «домашние» формы имён были нормой: полное имя Филимон звучало слишком официально, а Лимошка — тепло и по-свойски. Со временем это прозвище стало фамилией, передававшейся по наследству.

Таким образом, фамилия Лимошкина несёт в себе память о предке, которого в семье и в деревне звали ласково — Лимошка, то есть «любимый». Она стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Лимохин, Лимонов (от той же основы, но с разными суффиксами) и Филькин.