Фамилия Лимпопо — редчайший случай в русской ономастике, и её происхождение почти наверняка не связано с африканской рекой, как бы ни напрашивалась эта ассоциация. Основная версия — прозвищное происхождение от глагола «лимпеть» или «липнуть», что в некоторых русских говорах означало «медлить, мешкать, приставать». Человек, которого дразнили Лимпопой, мог быть назойливым, вязким или, наоборот, нерасторопным. В пользу этой версии говорит словообразовательная модель: суффикс -о в прозвищах (сравните: Грызло, Стукало, Вертопрах) часто указывал на носителя яркого, обычно неодобрительного признака.

Другая, менее вероятная, но любопытная гипотеза — искусственное происхождение фамилии. В XIX веке, особенно в среде духовенства, семинаристам нередко давали фамилии по библейским топонимам, названиям рек или экзотическим словам. Река Лимпопо, известная по колониальным картам, могла попасть в список для «благозвучных» фамилий выпускников. Однако в таком случае фамилия обычно оформлялась бы суффиксом -ский (Лимпопский) или оставалась бы несклоняемой, что для русской традиции нетипично.

Географически фамилия Лимпопо встречается единично, в основном на юге России и в Поволжье — регионах, где были сильны говоры с характерным «лимпеть». Никаких дворянских родов или массовых переселенческих групп с такой фамилией не зафиксировано. По сути, это классическое «прозвище в фамилию», которое закрепилось за одним-двумя родами и не получило широкого распространения.

В словарях Б. Унбегауна или В. Никонова эта фамилия не упоминается — слишком редкая. Если ваш предок носил фамилию Лимпопо, скорее всего, он был крестьянином или мещанином, а прозвище получил за характер: медлительный, приставучий или, в ироничном ключе, «великий путешественник» (местная шутка про дальние края). Точнее сказать сложно — материал для исследования ограничен буквально несколькими записями в метрических книгах.