Фамилия Линфия — один из тех редких случаев, когда носитель с высокой вероятностью может определить её происхождение, просто взглянув на окончание. В русской ономастике фамилии на -ия почти всегда имеют искусственное, книжное происхождение. Они не образовывались от прозвищ или профессий крестьян и ремесленников — это примета духовного сословия, а точнее, семинарской традиции XVIII–XIX веков.

В духовных училищах и семинариях будущим священникам нередко меняли фамилии на более благозвучные, «учёные» или переведённые на латынь и греческий. Линфия, скорее всего, — результат такой переделки. Основа здесь — греческое слово «линон» (лён) или «линос» (льняная нить). Фамилия могла быть дана как калька с русской фамилии Льнов, Льняной или как намёк на чистоту, простоту, ассоциирующуюся с льняной одеждой. Суффикс -ия типичен для семинарских фамилий, образованных по модели греческих или латинских прилагательных среднего рода (например, Сперанский — от лат. spero «надеюсь», но с окончанием -ий, а здесь — грецизированная форма).

Вторая, менее вероятная, версия — фамилия могла возникнуть как русификация западноевропейской фамилии, например, английской Linfield или немецкой Linfia, где корень тоже связан с льном (linen). Но в таком случае в русской среде её бы чаще записывали как Линфильд или Линфельд. Форма Линфия с окончанием -ия выдаёт именно семинарскую среду, где любили «облагородить» простое прозвище античным звучанием.

Поскольку фамилия крайне редкая, её география скорее всего привязана к одной-двум епархиям, где в духовном училище преподавал эрудит, увлекавшийся греческим. Носители Линфии — почти наверняка потомки священно- и церковнослужителей, получивших эту фамилию при поступлении в семинарию. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, как и крестьянских — в переписях она бы не выжила из-за непривычного для простонародья окончания.