Фамилия Липовченко — яркий пример украинской модели фамильной номинации, распространённой на Левобережье и Слобожанщине. Её основа — прилагательное «липовый», а суффикс -ченко указывает на происхождение по отцу: «сын Липового» или «потомок человека, связанного с липой».

Ключевая особенность фамилии — её «собирательный» корень. В отличие от простых Липовых или Липкиных, образованных от одного человека, Липовченко могло возникнуть в среде, где прозвище Липка, Липко или Липовый давали не одному, а целой группе родственников. В украинской традиции суффикс -ченко часто закреплялся за потомками, когда отца или деда знали именно под этим прозвищем.

Этимологически прозвище могло иметь несколько источников. Первый — ремесленный: липой называли мастера, работавшего с мягкой древесиной липы (ложкаря, резчика по дереву, бондаря). Второй — топонимический: предок мог жить у липовой рощи или в селе Липовка, Липовцы, Липовенька. Третий, менее очевидный — прозвище по внешности или характеру, от сравнения с липой — «мягкий», «податливый», но крепкий.

В документах фамилия фиксируется с середины XVII века в реестрах казацких полков и мещанских списках Полтавщины и Черниговщины. В XIX веке носители Липовченко встречаются преимущественно среди крестьян-малороссов, реже — среди духовенства (семинаристы иногда получали фамилию по названию родного села). Вариант написания с одной «п» (Липовченко) закрепился как основной, хотя в старых метриках попадается и двойное «пп».

Спорных версий у фамилии немного. Попытки связать её с литовским корнем или с искажённым немецким именем (от Липпольд) слабо обоснованы — украинская словообразовательная модель здесь прозрачна, а география бытования полностью укладывается в ареал фамилий на -енко.