Фамилия Лисченко образована по типичной для украинской и южнорусской ономастики модели — от прозвища или имени с добавлением суффикса -енко. Этот суффикс в XVI–XVIII веках был основным патронимическим (отчествообразующим) на землях Войска Запорожского и прилегающих территориях, означая «маленький», «сын такого-то». Лисченко — буквально «сын Лисска» или «маленький Лис».

Основа фамилии — слово «лис» (или «лиса»). В славянской традиции прозвище Лис давали человеку с хитрым, изворотливым умом, рыжеватым цветом волос или особым, «лисьим» разрезом глаз. Не исключено и происхождение от дохристианского имени Лис — такие имена-тотемы, связанные с животными, были распространены у славян как обереги. Менее вероятна, но возможна связь с польским или украинским словом «лис» (ліс) — «лес», но в таком случае форма была бы иной, например, Лесниченко или Лещенко.

Географически фамилия Лисченко чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины (Черкасская, Полтавская, Сумская), а также в смежных регионах России — Курской, Белгородской и Воронежской областях. Это зона расселения потомков казаков и крестьян, где суффикс -енко был доминирующим.

Интересная деталь: в отличие от фамилии Лисенко (от той же основы, но с другим суффиксом), форма Лисченко содержит дополнительный элемент «ч», что может указывать на уменьшительно-ласкательный вариант исходного прозвища. То есть Лисченко — это не просто «сын Лиса», а «сын Лисочка» или «Лисёнка», что делает фамилию более «домашней» по происхождению. В официальных документах XIX века, при переписях, могли фиксировать обе формы, но Лисченко закрепилась именно в тех семьях, где прозвище передавалось через поколение с уменьшительным оттенком.

Сословная принадлежность носителей фамилии не была однородной: среди Лисченко встречались как казаки (реестровые и нереестровые), так и государственные крестьяне. В дворянские родословные книги эта фамилия не попала, что типично для большинства фамилий на -енко, не связанных с титулованным дворянством.