Фамилия Лисименкова — женская форма, образованная от мужской Лисименков. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Лисимен, которое, скорее всего, является сложением двух основ: «лис» и «мен». Первая часть очевидно соотносится с лисой — хитрым, ловким зверем, часто фигурирующим в русских прозвищах. Вторая часть, «-мен», могла быть диалектным вариантом слова «мень» (рыба налим) или происходить от глагола «менять». В северных и сибирских говорах «меной» называли обмен, торговлю, а «менялой» — человека, занимающегося обменом товаров.

Таким образом, Лисимен — это составное прозвище: либо «хитрый, как лиса, и скользкий, как налим» (что даёт яркую характеристику человека), либо «лис-меняла» (то есть торговец, промышляющий обменом, возможно, пушниной). Второй вариант правдоподобнее: на Русском Севере, где пушной промысел был основой хозяйства, прозвище Лисомен или Лисимен могло закрепиться за скупщиком шкур или охотником, который ловко «менял» добычу.

Суффикс -ков указывает на принадлежность: Лисименков — «сын Лисимена». Такая модель образования (от прозвища на -мен) встречается реже, чем от имён на -а или -я, что делает фамилию нешаблонной. Географически фамилия тяготеет к северным регионам — Архангельской, Вологодской областям, где сохранились архаичные говоры и прозвищные традиции. Встречается она нечасто, что подтверждает её локальное происхождение: предки Лисименковых, вероятно, были крестьянами-охотниками или мелкими торговцами в одном из поморских сёл.