Фамилия Лиженина образована от прозвища или имени Лижена с помощью типичного русского патронимического суффикса -ин, указывающего на принадлежность («чей?» — «сын Лижены»). Основа Лижена — это, скорее всего, вариант имени Лижаня или Лижак, которые в русских говорах могли быть ласкательными или обиходными формами от канонического имени Елисей (через народное Олисей или Лисей). Усечение первого слога и появление «ж» вместо «с» — обычное явление в живой речи: Лисей → Лижаня → Лижена. Таким образом, предок Лижениных мог носить имя Елисей, а в быту его звали Лиженей.

Менее вероятная, но возможная версия связывает основу с диалектным словом «лижень» — так в некоторых областях называли льстеца или подхалима, того, кто «лижет», то есть угождает. Однако прозвища с таким корнем редки, а фамилия Лиженина встречается нечасто, что говорит скорее о её происхождении от редкой формы крестильного имени. В пользу этого говорит и окончание на -ина, характерное для фамилий, образованных от женской формы прозвища (вдова Лижена) или от мужского имени на -а.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам России — в переписях XVII–XVIII веков носители фамилии Лиженин (и её женский вариант Лиженина) фиксировались в Вологодской и Костромской губерниях. Там же распространены однокоренные фамилии Лижнев, Лижнов, которые могли возникнуть от того же корня, но с разными суффиксами. В отличие от них, Лиженина сохранила более архаичную форму, близкую к исходному прозвищу.

Сословно предки Лижениных, судя по архивным записям, относились к крестьянам или посадским людям. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что типично для фамилий, образованных от уменьшительных имён простого народа. В современной России фамилия остаётся редкой, её носители живут в основном в Центральной России и Поволжье.