Фамилия Лноненко — одна из тех, что сразу обращает на себя внимание необычным звучанием. На первый взгляд кажется, что в её основе лежит слово «лён», однако это лишь первая и не самая точная догадка. На деле фамилия образована по украинской модели с суффиксом -енко, который указывает на происхождение от предка по имени или прозвищу. Суффикс -енко в украинской ономастике — один из самых распространённых, он означал «сын» или «потомок», поэтому Лноненко — это буквально «сын Лнона» или «потомок Лнона».

Самая вероятная версия происхождения основы — от прозвища или мирского имени Лнон. Такое имя могло возникнуть в среде, где был распространён диалектный или искажённый вариант слова «лён». В некоторых говорах «лнон» — это простонародное или сокращённое произношение «лён» с добавлением конечного -н (сравните: «лён» — «лнон»). В таком случае прозвище Лнон мог получить крестьянин, занимавшийся выращиванием или обработкой льна. Лён на Украине был традиционной культурой: из него делали ткани, масло, верёвки. Прозвище могло закрепиться за человеком, чья работа была тесно связана с этим растением.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с личным именем Лнон как вариантом канонического имени Лев (в народной форме Льон или Льоня). В украинских говорах звук [в] иногда переходил в [н] или [м], так что Льон мог превратиться в Лнон. Тогда фамилия Лноненко означала бы «потомок Льона», то есть Льва. Однако эта гипотеза менее убедительна, так как переход «льон» → «лнон» не типичен для украинской фонетики.

Географически фамилия Лноненко почти не встречается в современных базах данных. Она крайне редка, что говорит о её локальном бытовании, возможно, в одном из сёл центральной или левобережной Украины. Из-за редкости фамилия не попала в основные справочники, такие как словарь Б. Унбегауна или работы В. Никонова, но её структура полностью соответствует украинской ономастической традиции.

Таким образом, предок носителей фамилии Лноненко, скорее всего, был украинским крестьянином или ремесленником, связанным с обработкой льна. Фамилия не имеет отношения к дворянству или знатному сословию — её корни уходят в простонародный быт и хозяйственную жизнь.