Фамилия Лодыжкина — женская форма, а мужская, Лодыжкин, образована по простой и прозрачной модели: от прозвища или нецерковного имени Лодыжка с помощью патронимического суффикса -ин. Суффикс указывает на принадлежность: «чей?» — Лодыжкин, то есть сын Лодыжки. Такая схема типична для русских фамилий, сложившихся в XVI–XVII веках в среде служилых людей, крестьян и посадских.

Основа фамилии — слово «лодыжка». В древнерусском языке это не только анатомический термин (часть ноги), но и переносное прозвище. Человека могли назвать Лодыжкой за низкий рост, за особенность походки или за то, что он носил короткую одежду, открывающую щиколотки. В некоторых говорах «лодыжка» означала также костяшку для игры в бабки — отсюда могло пойти прозвище азартного игрока или того, кто умело метал кости.

Ономасты (например, Б. Унбегаун в «Русских фамилиях») относят подобные образования к разряду фамилий от прозвищ по внешнему признаку. Споров вокруг корня почти нет: версия с анатомическим значением основная, а связь с игрой — дополнительная, менее вероятная, но не исключённая. Встречаются однокоренные фамилии — Лодыжников, Лодыженский, но Лодыжкин стоит особняком из-за суффикса -ин, типичного для северных и центральных областей России.

Географически фамилия Лодыжкин (и Лодыжкина) чаще всего фиксируется в Тверской, Ярославской и Вологодской губерниях, что косвенно подтверждает её северное происхождение. Сословно предки могли быть как крестьянами, так и ремесленниками — фамилия не несёт следов дворянского титула или духовного звания. В документах XVII–XVIII веков Лодыжкины встречаются среди посадских людей и стрельцов.

Сегодня фамилия редкая, но не исчезнувшая. Носители живут в основном в центральной России и на Урале. Никаких легенд о знаменитом родоначальнике или татарском корне у неё нет — это чисто русское прозвище, закреплённое в официальной фамилии.