Фамилия Ломуновы — один из вариантов более распространённой фамилии Ломановы. В основе обеих лежит прозвище Ломаный. Так на Руси могли назвать человека с заметными физическими недостатками: например, охотника, которого серьёзно покалечил медведь, или просто того, кто пережил тяжёлую травму. В переносном смысле прозвище закреплялось за человеком с «поломанной» судьбой — тем, кто вынес много горя и лишений.

Фамилия образована по стандартной модели того времени: к прозвищу Ломаный (или его диалектной форме Ломуный) добавили патронимический суффикс -ов. Получилось отчество «сын Ломаного», которое со временем закрепилось как фамилия. Вариант Ломунов вместо Ломанов мог возникнуть из-за местного произношения: в некоторых говорах «а» после мягких согласных звучало ближе к «у», или же при быстрой речи произошло упрощение (Ломанов → Ломонов → Ломунов).

Точную дату и место появления фамилии Ломуновы установить сложно — такие фамилии формировались постепенно, в разных регионах и в разное время. Но ясно, что это не случайное сочетание звуков, а живое свидетельство того, как прозвище, данное конкретному человеку, превратилось в родовое имя для его потомков.