Фамилия Лоничкины не принадлежит к числу распространённых, и её происхождение напрямую связано с диалектной или просторечной формой имени. В основе фамилии лежит мужское имя Лоник — уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Аполлон. В русской народной среде длинные имена часто сокращали до коротких и удобных в быту: Аполлон превращался в Аполлона, а затем в Лоню или Лоника. Суффикс -ик в данном случае указывает на «маленького» или младшего, так что Лоник — это «маленький Аполлон» или просто ласковое обращение к сыну. Патронимический суффикс -ин в фамилии Лоничкин (форма множественного числа — Лоничкины) означает «чей?» — то есть «сын Лоника».

Менее вероятная, но не исключённая версия связывает фамилию с именем Елеазар (через форму Лоник) или с греческим именем Лонгин, которое в народе тоже переделывали в Лоника. Однако связка «Аполлон → Лоник» — самая прямая и логичная, поскольку имя Аполлон было популярно в крестьянской среде XIX века, а его уменьшительные формы (Лоня, Лоничка) фиксируются в метрических книгах центральных губерний.

Географически фамилия Лоничкины тяготеет к южнорусским и среднерусским областям. Встречается в архивных записях по Тамбовской, Рязанской и Воронежской губерниям, где фамилии на -ин чаще образовывались от имён, а не от прозвищ. Социальный состав носителей — преимущественно крестьяне и мещане: фамилия не дворянская, без приставки -ский, что указывает на непривилегированное сословие.

Словообразовательная модель здесь типична для русских фамилий: основа (Лоничк-) + суффикс -ин. Двойное -чк- в основе (Лоничк-ин) — результат того, что исходное имя Лоник дало форму Лоничко (с чередованием к/ч перед суффиксом -к-), а от неё уже образовали фамилию. Такая цепочка: Лоник → Лоничко → Лоничкин — встречается нечасто, что делает фамилию интересным примером народной словообразовательной игры. В написании фамилии возможны варианты с одной «н» (Лоничкин), но форма множественного числа Лоничкины закрепилась в современных справочниках.