Фамилия Лпакеева — редкий случай, где написание подсказывает разгадку быстрее, чем произношение. Скорее всего, перед нами результат искажения или упрощения исходной формы. Наиболее вероятная основа — тюркское личное имя или прозвище. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) распространены имена с корнем «Алп» — «богатырь», «герой», или «Алпак» — уменьшительная форма от него. Фамилия могла возникнуть от имени Алпак (или Алпаке), которое в русской среде потеряло начальную гласную: Алпакеева превратилось в Лпакеева. Такое «отпадение» первого звука (афереза) — обычное явление в живой речи, особенно когда имя начинается на «Ал-» и говорящий не фиксирует его как чужое.

Суффикс «-еев» указывает на модель образования от имени с конечным «-ей» или «-е». Полная форма Алпакеев — это «чей?» — сын или потомок Алпакея. Усечение до Лпакеев закрепилось, вероятно, в документах XIX века, когда писарь записал фамилию на слух, не вникая в этимологию. Географически носители такой фамилии тяготеют к регионам Поволжья и Приуралья — зоне активного русско-тюркского контакта, где подобные отантропонимические фамилии не редкость.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с русским диалектным словом «лопак» (или «лапак»). В некоторых говорах так называли неуклюжего, неловкого человека или, наоборот, того, кто «лапает», хватает руками. Однако в этом случае фамилия писалась бы через «о» — Лопакеев. Вариант Лпакеева с первой буквой «Л» прямо указывает на потерю гласной, что типично для заимствованных основ. Поэтому тюркская версия выглядит убедительнее.

Фамилия недворянская, скорее всего, крестьянская или мещанская. Она не попала в родословные книги, но сохранила в своей необычной форме память о том, как имя пересекало языковую границу и менялось в устной речи.