Фамилия Лукшкина — форма женского рода, а исходная мужская — Лукшкин. В ней сразу бросается в глаза нестандартный суффикс -шк-: это не типичное -ов/-ев или -ин, а уменьшительно-ласкательная или пренебрежительная модель, которая в русских фамилиях встречается редко и чаще в северных и северо-западных говорах. Основа — Лукш-, что почти наверняка является производным от имени Лука (каноническое Лука, народное Лукьян). В диалектах и обиходной речи от Луки образовывали краткие формы вроде Лукша, Лукшка, где -ш- возникало как результат упрощения (Лука → Лукша). Суффикс -шк- в прозвищах мог нести уничижительный оттенок («маленький Лука» или «Лучка»), но к моменту закрепления фамилии это значение стёрлось.

По географии фамилия Лукшкин (и Лукшкина) — редкая, с преимущественным бытованием в центральных и северных областях России, особенно в бывших Новгородской и Вологодской губерниях. Там суффиксальные модели на -шк- были более живы в крестьянской среде. Предок носителя фамилии, скорее всего, был простым человеком, которого в деревне звали Лукша или Лукшка — либо по имени отца (сын Лукши), либо по личному прозвищу. Второй вариант — связь с диалектным словом «лукша» (в некоторых говорах — «лукошко», «корзинка»), но это менее вероятно, так как прозвища от названий утвари обычно давали по профессии, а здесь нет следов ремесла.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Лукин, Лукашев, Лукьянов) показывает, что Лукшкин стоит особняком: он образован не от полной формы имени, а от его разговорного, почти фамильярного варианта. Это говорит о том, что фамилия сложилась в среде, где ценилась простота, а не книжная правильность. Встречаются единичные упоминания Лукшкиных в метрических книгах XIX века по Новгородской губернии — там фамилия фиксировалась в написании через «шк», без вариантов на «ск» или «цк». Так что Лукшкина — это не опечатка и не искажение, а устойчивая, хоть и редкая, фамильная форма.