Фамилия Лумисте — редкий для русского уха случай, когда географическое происхождение видно почти сразу. Это эстонская фамилия, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса: -сте — типичный эстонский патронимический или топонимический суффикс, указывающий на принадлежность к месту или роду. В эстонском языке он соответствует русскому -ский или -ов, но работает иначе: часто присоединяется к названию хутора, мызы или природного объекта.

Основа фамилии — «лум» (lumi), что по-эстонски значит «снег». Получается, Лумисте — «снежный», «относящийся к снегу» или, что вероятнее, «живущий у снежного места». В эстонской топонимике множество хуторов с корнем Lumi-: Lumimäe (снежная гора), Lumijõe (снежная река) и просто Lumi. Фамилия могла закрепиться за крестьянином, чей двор стоял на открытом, продуваемом месте, где снег лежал дольше обычного, или рядом с родником, который зимой не замерзал и был заметен на фоне снега.

Советская эпоха оставила свой след: в 1930-х годах в Эстонии прошла волна эстонизации фамилий, когда немецкие и шведские окончания заменяли на местные. Но Лумисте к таким искусственным нововведениям не относится — фамилия архаичная, встречается в метрических книгах XIX века на острове Сааремаа и в северной Эстонии, в приходах Харьюмаа.

В русском языке фамилия не склоняется, если принадлежит мужчине, и склоняется, если женщине: «у Ивана Лумисте», но «у Анны Лумисте». Носителей в России крайне мало — в основном это потомки эстонских переселенцев, которые в конце XIX — начале XX века уезжали в Сибирь и на Дальний Восток, где основывали хутора с такими же «снежными» названиями.