Фамилия Луперенко — украинская по происхождению, что сразу видно по суффиксу -енко. Это один из самых распространённых патронимических суффиксов на Украине, означающий «маленький» или «сын такого-то». То есть Луперенко — это буквально «сын Луперя» или «потомок Луперя». Основа фамилии — прозвище или имя Лупера, а вот с его происхождением есть несколько версий.

Самая прямая и правдоподобная: Лупера — это форма крестильного имени Луп (или Лупа, Лупп). Имя Лупп (от латинского lupus — «волк») было известно в православных святцах, хотя и нечастым. В народной речи оно легко обрастало уменьшительными суффиксами: Луп → Лупа → Лупера (с суффиксом -ер-, который мог придавать прозвищный оттенок). Тогда Луперенко — «внук Лупы», и его носитель — потомок человека, которого в крещении назвали «волком» (возможно, за силу, свирепость или просто по святцам).

Вторая версия, менее распространённая, но возможная: связь с диалектным глаголом лупить — бить, колотить, а также «лупить глаза» (таращить). В этом случае Лупера — прозвище драчуна, задиры или, наоборот, человека с большими, «вылупленными» глазами. Такие прозвища по поведению или внешности были типичны для украинской среды. Однако, учитывая редкую форму «Лупера» (а не, скажем, Лупай или Лупило), версия с каноническим именем выглядит надёжнее.

Фамилия Луперенко — нечастотная. Географически она тяготеет к центральным и восточным областям Украины, откуда вместе с миграциями XIX–XX веков попала на юг России и в Сибирь. В документах встречаются варианты написания — Лупоренко, Луперенко, но исходная форма с «е» во втором слоге — основная. Социально фамилия, скорее всего, крестьянская или казацкая: суффикс -енко в малороссийских землях был массовым именно среди свободного сельского населения и казачества, а не высших сословий.

Если искать однокоренные фамилии, то это Лупа, Лупов, Лупин, Лупенко, Лупандин. Все они восходят к тому же корню — либо к имени Луп, либо к прозвищу от «лупить». Луперенко стоит среди них особняком из-за суффикса -ер-, который встречается в украинских прозвищах реже, чем -енко, и придаёт фамилии более индивидуальный, нешаблонный оттенок.