Фамилия Ляфер — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение почти наверняка не связано с исконно славянскими корнями. Если отбросить маловероятные версии о случайном созвучии с диалектными словами, остаётся одна основная гипотеза: фамилия имеет еврейское (ашкеназское) происхождение. В языке идиш «Ляфер» (לעפער) означает «певец» или «исполнитель песнопений», от глагола «лефен» — петь. Это не прозвище за голос, а, скорее всего, профессиональное именование: предок носителя фамилии мог быть кантором в синагоге или народным певцом-бадхеном на свадьбах.

В пользу этой версии говорит и типичная для еврейских фамилий модель: основа от профессии или социальной роли без дополнительных славянских суффиксов. В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, которые превращают прозвище в притяжательное прилагательное («чей?» — Ляферов), форма Ляфер — это чистая основа, застывшее прозвище. Именно так в XIX веке, при массовом присвоении фамилий еврейскому населению Российской империи, фиксировали многие идишские слова.

Встречаемость фамилии Ляфер крайне низкая, и её география почти целиком привязана к черте оседлости: западные губернии (Волынская, Подольская, Киевская), а также Царство Польское. После миграций конца XIX — начала XX века отдельные носители оказались в Москве, Петербурге и в эмиграции. В современной России фамилия остаётся штучной.

Стоит добавить, что в польском языке существует слово «lafa» (халтура, лёгкий заработок) и «lafer» — человек, живущий случайными заработками. Эта версия менее убедительна, так как для польских фамилий характерны суффиксы -ski/-cki, а форма Laffer в польской среде почти не фиксируется. Однако полностью исключать польское влияние на написание (через «f», а не «ph») нельзя, если семья долго жила на землях бывшей Речи Посполитой. Тем не менее, «певческая» версия остаётся основной и наиболее логичной.