Фамилия Ляховненко принадлежит к украинской модели образования с суффиксом -енко, который в XVI–XVII веках был характерен для потомков по отцу: буквально «сын Ляховна». Основа здесь — не имя, а прозвище Лях, которое и лежит в корне фамилии.

Слово «лях» в древнерусском и украинском языках означало поляка. Однако есть и другая версия: по одной из чешских хроник, легендарный родоначальник поляков назывался Лех (Лях), поэтому в глубокой древности «лях» могло означать не столько национальность, сколько земледельца вообще. Если принять эту гипотезу, прозвище Лях мог получить человек, занятый пахотным трудом, без обязательной связи с польским происхождением.

Кроме того, не исключено, что фамилия Ляховненко восходит к топониму Ляхово — такое название носят многие деревни и сёла в России (например, старинное село Ляхово в Нижегородской области) и на Украине. В этом случае основатель рода Ляховненко был уроженцем одного из этих населённых пунктов. Суффикс -енко в таком варианте указывает, что предка звали Ляховном — жителем Ляхова, а его сын стал Ляховненко.

Самые ранние упоминания родственных именований относятся к XVI веку. В реестрах казаков и метрических книгах того времени встречаются Ляхи, Ляховы и Ляховенки. Фамилия Ляховненко, скорее всего, сформировалась на Левобережной Украине или в Слобожанщине, где суффикс -енко был преобладающим в фамильном именовании.