Фамилия Лыбохоря — редкая, с прозрачной, но неочевидной внутренней формой. В ней слышится и глагол «лыбиться» (улыбаться), и «хорь» (зверёк), но ни то, ни другое к смыслу прямого отношения не имеет. Основа — древнерусское нецерковное имя Лыбохор, которое складывается из двух корней: «лыб-» (от «любый», «любить») и «-хор» (от «хоробрый» — смелый, или «хоругвь» — знамя). В древности такие двуосновные имена, как Любомир, Доброгост, Ратибор, были распространены у славян, и Лыбохор — один из них. Значение имени: «любящий смелость» или «милый храбрец».

Суффикс -я на конце указывает на то, что перед нами не стандартная патронимическая модель на -ов/-ин, а скорее краткая, народная форма. В русских говорах, особенно в северных и псковских, окончание -я нередко закреплялось за фамилиями, образованными от прозвищ или личных имён без дополнительного суффикса принадлежности: Лыбохоря — буквально «(сын) Лыбохора». Такая модель встречается редко, что делает фамилию диалектной и локальной.

Географически фамилия тяготеет к западу России — к Псковской, Смоленской областям, а также к Беларуси. Встречается она и в украинских записях, но единично. Носители фамилии, скорее всего, происходят из крестьянской или посадской среды, где личные имена типа Лыбохор ещё бытовали в XV–XVII веках. В дворянских родословных книгах эта фамилия не зафиксирована.

Сегодня Лыбохоря — одна из тех фамилий, которые почти исчезли из бытового обихода. В современной России её можно пересчитать по пальцам. Это не «испорченное» написание и не ошибка писаря, а живое свидетельство древней славянской традиции составлять имена из двух значимых частей.