Фамилия Лыгденова — одна из тех, что сразу выдают регион происхождения. Её основа — бурятское мужское имя Лыгден, а значит, носительница фамилии (или её предок по мужской линии) происходит из среды бурят или, реже, калмыков. В бурятском языке имя Лыгдэн восходит к тибетскому слову «лхагдан» — «счастливый, благодатный, удачливый». Имя было широко распространено у бурят-буддистов, особенно в Забайкалье, и давалось с пожеланием ребёнку благополучной жизни.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для фамилий народов Сибири: к основе Лыгден- добавили русский патронимический суффикс -ов, а затем стандартное окончание -а, указывающее на женскую форму. Фамилия образована от имени отца или деда (Лыгден → Лыгденов → Лыгденова), то есть по схеме, которая в XIX–XX веках закрепилась у бурят при переходе к русской системе фамилий. Мужской вариант — Лыгденов.

Интересно, что в отличие от многих русских фамилий, где суффикс -ов указывает на «чей?» (Иван — Иванов), здесь он просто русифицирует иноязычное имя, не меняя его смысла. Фамилия не имеет отношения к ремёслам, географическим названиям или прозвищам — она целиком антропонимическая. Встречается преимущественно в Бурятии, Иркутской области и Забайкальском крае, реже — у бурятских диаспор в других регионах России и в Монголии.

Ударение, скорее всего, падает на первый или второй слог: Лы́гденова или Лыгде́нова — оба варианта возможны, так как в бурятских именах ударение подвижно, а в русском быту оно часто смещается по аналогии с привычными фамилиями. Спорных версий происхождения нет: тибетская этимология имени Лыгден хорошо документирована в ономастике бурятского языка, и альтернативные толкования (например, связь с тюркскими корнями) не имеют серьёзных оснований.