Фамилия Лышникова — женская форма, а мужская — Лышников. Её основа — прозвище Лышник. В русских говорах слово «лышный» означало «лишний», «избыточный», но не в значении «ненужный», а скорее «сверх меры», «добавочный». Лышником могли прозвать третьего ребёнка в семье, когда появления ещё одного сына или дочери уже не ждали, или человека, который постоянно оказывался там, где его не звали, — этакого вездесущего помощника. В некоторых диалектах «лышный» — это ещё и «свободный», «не занятый делом», то есть праздный человек.

Модель типична для северных и центральных русских областей: суффикс -ник (указывает на лицо по действию или свойству) плюс фамильный суффикс -ов. Так что Лышников — буквально «сын Лышника». Сравните с фамилиями Лишний, Лишнов, Лышов — все они из того же гнезда, но Лышников встречается реже, что делает её более локальной.

По данным современных телефонных справочников, Лышниковы чаще всего встречаются в Вологодской и Архангельской областях, а также в Пермском крае. Это подтверждает северное происхождение: именно в северных говорах слово «лышный» сохранилось лучше всего. В XVII–XVIII веках такие прозвища давали крестьянам и посадским людям — в боярской среде их почти не фиксируют.

Есть и другая версия: от имени Лыш (уменьшительное от Глыш, то есть Глеб), но она менее убедительна. Прозвищная природа фамилии очевиднее: слишком устойчиво значение «лишний» в диалектах, чтобы списывать её на редкое имя.

Так что предки носителя фамилии Лышников — скорее всего, крестьяне Русского Севера, получившие прозвище за особенности характера или семейного положения. Фамилия недворянская, нестарая (оформилась в XVIII–XIX веках), но по-своему точная: она прямо говорит о том, как окружающие воспринимали её первого носителя.