Фамилия Любохонский — яркий пример того, как географическое название превратилось в родовое имя. Её основа — топоним Любохонь или Любохна. Скорее всего, речь идёт о посёлке Любохна (ныне Любохна, Дятьковский район Брянской области), известном с XVIII века как владение дворян Мальцовых. Фамилия указывает на то, что предок носителя был выходцем из этого места или владел там землёй.

Модель образования проста: суффикс -ск- (в форме -ский) в русских фамилиях традиционно присоединялся к названиям населённых пунктов, образуя прилагательные со значением принадлежности. Так, Любохонский — это «тот, кто из Любохны». Такие фамилии часто носили дворяне, получавшие родовое прозвание по своему имению, но могли появляться и у крестьян, переселившихся из деревни в город и записанных по месту прежнего жительства. Социальный слой носителей этой фамилии мог быть разным: от помещиков до однодворцев и бывших крепостных.

Корень топонима — «люб-» — встречается во многих славянских названиях (Любомль, Любляна, Любеч) и связан с древним личным именем Люб или прилагательным «любый» (милый, дорогой). Вторая часть «-охна» или «-охонь» менее прозрачна. Вероятно, это диалектное слово или видоизменённое финно-угорское название речки (гидроним), которое со временем славяне переосмыслили как «любое место». Споров вокруг этимологии немного: большинство исследователей сходятся на версии с топонимом, а не с прозвищем.

Фамилия довольно редкая. Её концентрация исторически связана с Брянской, Орловской и Калужской областями — регионами, где располагались мальцовские заводские поселения. Встречается также в варианте Любохна (без суффикса — усечённая форма, характерная для украинской традиции), но вариант Любохонский преобладает в русской среде. Сравните с однокоренными Любецкий, Любский — все они указывают на географическое происхождение, а не на качество характера предка.