Фамилия Любуня — редкий образец русской фамилии, образованной не от полного канонического имени, а от ласкательно-усечённой формы. В её основе лежит имя Любунь — уменьшительное от Любовь, Любомир или Любава. В старину такие имена не были редкостью: крестильное имя Любовь (калька с греческого Агапе) давалось нечасто, но его народные производные — Любава, Люба, Любунь — встречались в быту повсеместно.

Словообразовательная модель проста: к основе Люб- добавлен суффикс -ун(я), характерный для русских прозвищ и имён (Хвастун, Болтун, Говорун). Затем к прозвищу Любуня прикрепили фамильный суффикс, но какой именно — неочевидно. Фамилия оканчивается на -я, что типично для украинских или белорусских фамилий (типа Гончаренко, Шевченко), однако в русской традиции такие окончания почти не встречаются. Возможно, перед нами не фамилия, а прозвище, закрепившееся в документах без изменений — как это бывало в переписных книгах, где человека записывали просто «Любуня» (сын Любуни). Либо фамилия прошла через украинизацию: исходное Любунин или Любунёв со временем утратило суффикс.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование: фамилия могла произойти от прозвища Любуня, данного человеку с мягким, ласковым характером или, наоборот, тому, кто часто употреблял слово «любуня» в значении «милый, пригожий». В некоторых говорах так называли любимчика или баловня.

География фамилии неширокая. Встречается в основном на западе России — в Смоленской, Брянской, Псковской областях, а также в Беларуси. Это подтверждает связь с украинско-белорусским ареалом, где фамилии на -я более привычны. В центральных и северных регионах России носители Любуни — редкость, часто это потомки переселенцев из западных губерний.

Социальный состав предков, скорее всего, крестьянский или мещанский. Фамилия не встречается в дворянских родословных книгах и не связана с известными историческими родами. В метрических книгах XIX века Любуни попадаются среди государственных крестьян и однодворцев, что указывает на простое происхождение.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Любавин, Любашев, Любушкин, — то Любуня стоит особняком: она не вписалась в стандартную модель на -ов/-ин, что делает её своеобразным лингвистическим курьёзом. Возможно, именно из-за этого фамилия не получила широкого распространения: в эпоху унификации фамилий в XIX веке её могли заменять на более привычную Любунин или вовсе переделывать в Любов.