Фамилия Лыуна — редкий случай, когда прозвище или именование не перешло в русскую фамилию через стандартные суффиксы -ов, -ин или -ский. Она представляет собой чистую основу без добавления фамильного форманта, что сразу указывает на её нерусское происхождение. В русской традиции фамилии без суффикса — это в основном поздние заимствования или адаптации из языков народов Поволжья, Прибалтики или Сибири.

Скорее всего, Лыуна — это русифицированная форма эстонской или финно-угорской фамилии. В эстонском языке слово «lõuna» означает «юг». Фамилия могла возникнуть как прозвище человека, пришедшего с южных земель, или как указание на сторону света, с которой связывали род занятий или место жительства. В прибалтийско-финской ономастике такие «географические» фамилии встречаются, хотя и не так часто, как в русской среде. Также возможна связь с эстонским словом «lõun» — «обед, полдень»: прозвище могли дать человеку, который работал или отдыхал в полдень, либо тому, кто был медлительным («полуденным»).

Поскольку фамилия не имеет русского суффикса, она не склонялась по падежам как типичная русская фамилия (Лыуна, Лыуны, Лыуне). В документах XIX — начала XX века такие формы часто записывали «на слух»: могли писать Лыуна, Лыуно или даже Лыуня, в зависимости от говора писаря. Географически фамилия тяготеет к северо-западу России — к территориям, где исторически жили эстонцы, ижора или водь (Ленинградская область, Псковщина, Эстония). Встречаемость фамилии крайне низкая, что делает её уникальной для семейной истории: носители, скорее всего, происходят из небольшой локальной группы, сохранившей исходное звучание без русификации.