Фамилия Мабатшоев — редкий случай, когда географическое происхождение почти наверняка перевешивает любые другие версии. Её основа — составное имя Мабатшо, которое бытует в таджикской и отчасти афганской среде. Первая часть, «Мабат», восходит к арабскому «мубат» — «установленный», «утверждённый», но в живом употреблении скорее стала частью личного имени. Вторая часть — «шо» (таджикская форма «шах»), означает «царь», «господин», «владыка». В сумме имя Мабатшо можно перевести как «утверждённый владыка» или «царь, поставленный свыше» — типичная для Востока формула с религиозным или почтительным оттенком.

Русский суффикс -ев указывает на то, что фамилия оформлялась уже в советское время, при паспортизации таджикского населения. По модели «имя отца + -ев» Мабатшоев буквально значит «сын Мабатшо». В Таджикистане и среди таджикской диаспоры такая фамилия встречается, но за её пределами — крайне редкая редкость. Никакой иной этимологии, кроме как от личного имени Мабатшо, у неё нет: ни прозвищного, ни профессионального корня здесь не просматривается.

Из-за того, что фамилия не попала в основные русские ономастические словари (Унбегаун, Никонов, Веселовский), строить догадки о её древности или сословной принадлежности бессмысленно. Скорее всего, предки носителя — люди из горных или предгорных районов Таджикистана, где сохранялись традиционные имена с компонентом «шо». В XX веке, при записи в советские паспорта, фамилию зафиксировали в привычной для русского языка форме с окончанием -ев, хотя по-таджикски она звучала бы как Мабатшоев или Мабатшозода.

Единственное, что можно сказать с уверенностью: фамилия Мабатшоев — не случайный набор звуков, а точный маркер таджикского происхождения и конкретного имени предка. Других версий, которые стоило бы рассматривать всерьёз, не существует.