Фамилия Мафагел — редкий случай в русском ономастиконе, и ее разбор требует осторожности. С первого взгляда бросается в глаза нехарактерное для славянских фамилий окончание: суффикс -ел не является типичным для русских фамильных моделей (-ов, -ин, -ский, -их). Это сразу наводит на мысль об иноязычном происхождении или о том, что фамилия застыла в форме прозвища без последующей русификации.

Основу «Мафаг-» можно связать с несколькими корнями. Наиболее вероятная версия — тюркское происхождение. В тюркских языках «мафа» (или «маф») может означать «убежище», «защита» или быть частью сложного имени. Вторая часть — «гел» — в тюркских языках часто означает «приходи» (повелительное наклонение от глагола «приходить»). Таким образом, «Мафагел» могло быть прозвищем, означающим «приди под защиту» или «ищущий убежища». Такие прозвища давали пришлым людям, беглецам или тем, кто просил покровительства у влиятельного рода.

Менее вероятна, но возможна версия о связи с кавказскими языками, где «мафа» — форма обращения или часть теофорного имени (связанного с божеством). В этом случае фамилия могла попасть в русскую среду через смешанные браки или переселение народов в XIX-XX веках.

Географически фамилия Мафагел не привязана к какому-то одному региону России — она встречается точечно, что подтверждает ее недавнее появление или малую численность носителей. Сословная принадлежность предков неясна: если это тюркское прозвище, то предки могли быть из служилых татар, торговцев или крестьян, получивших фамилию при переписи. Если же основа — кавказская, то носители могли быть выходцами из горских народов.

Из-за редкости фамилии споров о ее корне почти нет — она не попала в массовые словари. Главная особенность Мафагел в том, что она сохранила исходную форму прозвища, не обросла типичными суффиксами и потому остается загадкой для этимологов.