Фамилия Мафиони — редкий случай в русском ономастиконе. На первый взгляд, она звучит как итальянизм и вызывает ассоциации с организованной преступностью, но на самом деле её корни чисто русские, хотя и неочевидные. Словообразовательная модель с суффиксом -они нехарактерна для исконных русских фамилий, где чаще встречаются -ов, -ев, -ин. Такое окончание обычно указывает на западное, чаще польское или западнорусское влияние, или на искусственное, книжное происхождение. В данном случае суффикс -они мог возникнуть в результате адаптации прозвища или имени под польскую или украинскую огласовку, либо как вариант фамилии, записанной на слух в приказной избе.

Скорее всего, в основе лежит не итальянское «мафия», а древнерусское прозвище Мафона или Мафоня. Это слово могло означать «вялый, медлительный человек» или, наоборот, «неповоротливый, тяжелый на подъем». В диалектах «мафоня» фиксируется как прозвище увальня. Другая версия отсылает к каноническому имени Мафусаил (библейский долгожитель), которое в народной речи сокращалось до Мафон, Мафоня. В таком случае фамилия Мафиони — это «сын Мафони» или «из рода Мафони», где суффикс -они выполняет ту же роль, что и -ович в отчествах, но в польской или украинской традиции.

Географически фамилия встречается крайне редко, в основном в западных регионах бывшей Российской империи — на территории современной Беларуси, Украины и в пограничных с ними областях России. Это косвенно подтверждает версию о западнорусском или польском влиянии на форму. В центральных и северных губерниях России фамилия Мафиони практически не фиксируется, что делает её региональным маркером.

Социальный контекст: носители фамилии, скорее всего, происходили из крестьян или мещан, получивших фамилию при переписях XIX века. Прозвище Мафоня могло закрепиться за конкретным человеком, а его потомки уже стали Мафиони. Никакой связи с криминальным миром или итальянской культурой у фамилии нет — это чисто славянское, пусть и нестандартное по звучанию, образование. Если искать однокоренные фамилии, то это Мафонов, Мафонин, Мафонцев, но все они ещё реже, чем Мафиони.