Фамилия Мафрахова — женская форма фамилии Мафрахов, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. Суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования отчества или прозвища, но корень «мафрах» в русском языке отсутствует. Скорее всего, основа фамилии — иноязычная, и здесь возможны две основные версии.

Первая и наиболее вероятная: фамилия восходит к тюркскому или арабскому имени Мафрах (вариант Мафрух). В арабском языке корень «ф-р-х» связан с радостью, ликованием; имя Мафрух означает «радостный», «ликующий». Через татарское или башкирское посредничество это имя могло попасть в русскую среду, где и получило стандартный патронимический суффикс -ов. В таком случае предок носителя фамилии был человеком, которого окружающие называли по имени Мафрах — возможно, мусульманином по происхождению, принявшим православие или жившим в смешанной этнической среде Поволжья или Приуралья.

Вторая версия, менее распространённая, но не исключённая: фамилия могла образоваться от прозвища Мафрах, связанного с диалектным словом. В некоторых русских говорах «мафра» или «махра» означало «кисть», «бахрома», «лохмотья»; отсюда «мафрах» — человек в рваной одежде, неряха. Однако эта гипотеза слабее, так как слово «мафрах» в таком значении нигде не зафиксировано, а фамилия с явно нерусским звучанием чаще имеет иноязычную основу.

География фамилии Мафрахова сосредоточена в основном в Татарстане, Башкортостане и соседних областях — это подтверждает тюркскую версию. Сословно предки могли быть крестьянами или мещанами, но без дополнительных данных о конкретном роде сказать что-то определённое невозможно. Фамилия редкая, и её носители, скорее всего, ведут происхождение от одного человека, получившего имя Мафрах несколько столетий назад.