Фамилия Мафухаев — редкая, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, она образована от прозвища или неканонического имени, корень которого восходит к тюркским или иранским языкам, распространённым среди народов Кавказа и Поволжья.

Основа фамилии — «Мафуха». В русской ономастике фамилии на -ев, как правило, образуются от основ, оканчивающихся на мягкий согласный или «й» (как в случае с конечным -ха). Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Мафухаев, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Мафуха.

Наиболее вероятная версия связывает корень с арабским словом «мафух» (مَفُوح), которое в ряде тюркских диалектов означает «раскрытый», «открытый», «просторный». В переносном смысле так могли назвать человека открытого, гостеприимного, либо, наоборот, того, кто «раскрывает» тайны или секреты. Встречается также вариант, где «мафуха» — это искажённое «мафтуха» (от араб. «мафтух» — «счастливый», «удачливый»), что даёт фамилию со значением «сын счастливца».

Географически фамилия Мафухаев наиболее характерна для чеченцев и ингушей, а также встречается у кумыков и народов Дагестана. Это указывает на северокавказский ареал бытования. В вайнахских языках суффикс -ев часто присоединялся к заимствованным арабским именам и прозвищам, адаптируя их к русской паспортной системе в XIX–XX веках.

Сравнение с однокоренными фамилиями (например, Мафтухаев, Мафуков) показывает, что основа могла варьироваться в зависимости от диалекта и письменной фиксации. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века можно встретить написание «Мафухаев» с одной «ф» или с «хв» на конце, что объясняется особенностями записи горских фамилий русскими чиновниками на слух.

Сословно фамилия не даёт точных указаний: её носителями могли быть и свободные горцы-общинники, и уздени (дворяне у народов Кавказа), и крестьяне. Без конкретных генеалогических данных определить социальный статус предков по одной фамилии невозможно.