Фамилия Магафирина — редкая и нестандартная для русского уха. Чтобы понять её происхождение, стоит сразу отбросить привычную модель «от имени или прозвища на -а/-я плюс суффикс -ин». Здесь основа не очевидна, и ключ к разгадке — в суффиксе и возможной региональной или этнической окраске.

Скорее всего, фамилия имеет тюркские или арабо-персидские корни. Основа «Магафир» (или «Магафур») восходит к арабскому имени Магфур (مَغْفُور), что значит «прощённый» (в религиозном контексте — тот, кому даровано прощение). В тюркских языках (татарском, башкирском) это имя бытовало в формах Мәгъфүр, Магафур. Женская форма Магафира или Магафиря — вполне возможное личное имя, от которого и образована фамилия. Суффикс -ин в данном случае — русский патронимический показатель, присоединённый к основе на -а: «чей?» — Магафирин, то есть потомок Магафиры. Фамилия Магафирина — это форма женского рода (жена или дочь Магафирина).

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с арабским словом «магафира» (مَغْفِرَة) — «прощение». В этом случае прозвище могло быть дано человеку смиренному, набожному или, напротив, в шутку — как антитеза характеру. Однако имя-основа как источник фамилии встречается чаще, чем прозвище от абстрактного понятия.

Географически фамилия тяготеет к Волго-Уральскому региону и Западной Сибири — зонам расселения татар и башкир, где в XIX веке активно шёл процесс русификации тюркских имён. Носители фамилии Магафирина — это, вероятно, потомки крещёных татар (кряшенов) или башкир, либо представители татарского дворянства и купечества, которые в документах на русском языке получали фамилии по отцу с русским окончанием.

Примечательно, что фамилия почти не встречается в центральных и северных областях России. Её редкость говорит о том, что родословная, скорее всего, не разветвлялась широко или была сосредоточена в одном селе. В дореволюционных исповедных ведомостях и ревизских сказках можно найти единичные записи, что подтверждает локальный характер фамилии.