Фамилия Магауенов — один из тех случаев, когда русская по форме фамилия скрывает тюркскую основу. Суффикс -ов указывает на стандартную модель образования русских фамилий (обычно от имени или прозвища отца), а корень «Магауен» — это русифицированная запись казахского или башкирского личного имени.

Исходное имя, скорее всего, Мағауия (Магауия) или его вариант Мағауен. В тюркских языках, особенно в казахском, имя восходит к арабскому «магауи» — «защищённый», «охраняемый», или же связано с понятием «маған» — «смысл», «значение». Встречается и версия, что в основе лежит имя пророка Мухаммеда через диалектные формы (Маған, Мағауи). Таким образом, фамилия Магауенов буквально означает «потомок Магауена» или «сын Магауи».

Географически фамилия почти не встречается за пределами регионов с компактным проживанием казахов: это прежде всего Западный Казахстан (Актюбинская, Западно-Казахстанская области), а также Оренбуржье и Астраханская область России. В русских переписях XIX века такие фамилии фиксировались у казахов, перешедших в оседлость и принявших русское делопроизводство.

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -ов, образованных от полных имён (Иванов, Петров), здесь мы видим усечённую основу. Полное имя Мағауия дало бы форму «Магауиев», но в устной речи произошло стяжение — «Магауен» (как вариант «Магауин»). Это типичный пример народной этимологии: звучание подстроили под более привычный русскому уху суффикс -ен, который ничего не значит, но облегчил произношение.

Других версий происхождения — от прозвища или названия ремесла — нет. Фамилия однозначно патронимическая, и её носители, скорее всего, происходят из казахских родов (жузов), где имя Мағауия было распространено среди старшего поколения.