Фамилия Магазейщикова — один из тех случаев, когда прозвище предка прямо указывает на его занятие. В основе лежит слово «магазейщик». Владимир Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» объясняет его так: «владелец, содержатель, смотритель магазина». Ударение в исходном слове падает на второй слог: магазе́йщик.

Сам корень «магазе́я» — старая форма слова «магазин», которую в XIX веке ещё активно употребляли в народной речи и документах. Магазейщиком называли не просто продавца, а человека, который отвечал за склад или торговое помещение, мог быть его владельцем или управляющим. Прозвище давали по делу, и оно закреплялось за родом.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к прозвищу Магазейщик добавили суффикс -ов-, а затем — окончание -а, указывающее на женский род носительницы. На практике это означает, что предок по мужской линии носил прозвище Магазейщик, а его потомки стали Магазейщиковыми. Форма Магазейщикова — это вариант фамилии, который носят женщины, но в русской традиции он же часто используется как исходная форма в документах, если родословная идёт по женской линии.

Фамилия встречается редко, что неудивительно: слово «магазейщик» довольно быстро вышло из обихода, уступив место более привычным «лавочник», «купец» или «приказчик». Основной ареал бытования — северные и центральные губернии России, где торговые ряды и амбары называли магазеями. В современных базах данных Магазейщиковы чаще всего фиксируются на Урале и в Сибири — вероятно, предки переселились туда в ходе хозяйственного освоения земель.

Словообразовательная модель проста: суффикс -щик- указывает на лицо по роду деятельности, окончание -ов- — на принадлежность. Никаких спорных версий здесь нет: корень прозрачен, значение зафиксировано словарём. Фамилия хранит память о предке, который управлял магазином или складом, и делает это прямо, без иносказаний.