Фамилия Магдаченко образована по типичной восточноукраинской модели: суффикс -енко указывает на потомка человека по прозвищу или имени («чей сын?» — Магдаченко, то есть сын Магдача). Основа здесь — прозвище Магдач.

Само прозвище Магдач, скорее всего, восходит к женскому имени Магда. В переводе с иврита это имя означает «башня», «возвышенное место», «крепость». Чаще всего Магда рассматривается как сокращение от имени Магдалена — того самого, что означает «из города Магдалы». Название этого древнего поселения на берегу Галилейского моря происходит от того же корня, что и слово «магдал» (башня).

Прозвище Магдач могло закрепиться за человеком, чью мать или бабушку звали Магда, — в патриархальной среде это случалось, если женщина играла заметную роль в семье или была вдовой. Со временем прозвище вытеснило прежнее родовое имя и в документах закрепилось уже как наследственная фамилия.

В отличие от распространённых фамилий на -енко от мужских имён (Иващенко, Петренко), Магдаченко стоит в ряду более редких образований от женской основы. Подобный путь прошли, например, фамилии Марченко (от Марья) или Ганниченко (от Анна), но с еврейским корнем у восточнославянских фамилий такое встречается нечасто. Географически фамилия тяготеет к центральным и южным областям Украины, где суффикс -енко был основным способом оформления фамилий уже в XVII–XVIII веках.