Фамилия Магистров — редкий случай в русском ономастиконе, где основой стало не прозвище, не профессия в привычном смысле, а учёная степень. В отличие от фамилий, образованных от названий должностей (Дьяков, Подьячий) или званий (Солдатов, Генералов), Магистров напрямую отсылает к университетской иерархии. В дореволюционной России магистр — это вторая по старшинству учёная степень после доктора, которую присуждали за диссертацию. Получить её мог далеко не каждый, поэтому фамилия Магистров, скорее всего, искусственная, семинарская.

Семинарии в XVIII–XIX веках часто давали будущим священникам «говорящие» фамилии, подчёркивающие добродетели, церковные праздники или, как в этом случае, высокий статус. Магистров мог получить ученик, который хорошо учился, или сын человека, имевшего степень магистра. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын магистра» или «из семьи магистра». В среде духовенства такие фамилии были способом поднять престиж, ведь реальная степень магистра богословия открывала путь к преподаванию в академиях.

Встречается и другая, более прозаичная версия: фамилия могла закрепиться за крепостным или дворовым человеком, принадлежавшим помещику по фамилии Магистров. Однако эта гипотеза слабее — сама фамилия Магистров настолько нетипична для дворянства, что скорее всего, её первым носителем был именно выходец из духовного сословия.

Слово «магистр» пришло в русский язык через латынь и польское посредничество, где означало «учитель», «наставник». В русских духовных школах магистрами называли не только обладателей степени, но и преподавателей философии. Так что предок-Магистров мог быть не просто учёным, а именно педагогом, книжником. Фамилия осталась редкой и сегодня — она почти не встречается за пределами центральной России и бывших семинарских центров, таких как Киев, Москва, Санкт-Петербург.